Wie bei jeder Operation gibt es auch bei der LASER-Korrektur der Fehlsichtigkeiten Kontraindikationen, bei denen eine solche Operation nicht vorgenommen werden darf. Dabei unterscheidet man relative von absoluten Kontraindikationen. Unter einer absoluten Kontraindikation versteht man einen Zustand, bei dem auf keinen Fall eine Excimer-Laser Operation durchgeführt werden darf. Für die LASEK oder PRK sind das: zum einen chronisch progrediente Hornhauterkrankungen, wie zum Beispiel ein Keratokonus, ein grauer Star mit Auswirkungen auf das Sehen, ein grüner Star mit ausgeprägten Veränderungen des Gesichtsfeldes, sowie eine feuchte Makuladegeneration. Weiterhin dürfen Patienten unter achzehn Jahren sowie Schwangere und Stillende auf keinen Fall gelasert werden. Bei der FEMTO-LASIK kommen als weitere Kontraindikationen noch eine Hornhautdicke unter 480 Mikrometer vor der Operation, sowie eine Resthornhautdicke unter 250 Mikrometer nach der Operation hinzu, und auch bei einem Forme Fruste Keratokonus (einer Vorstufe des Keratokonus, die nur mittels Messungen nachgewiesen werden kann) und bei bestimmten rheumatologischen und Autoimmunerkrankungen darf hier nicht operiert werden. Zudem kann auch die Einnahme bestimmter Medikamente wie Amiodaron oder Isotretinoin eine Excimer-Laser-Operation verhindern.